De bij de Stichting Webshop Keurmerk aangesloten winkels dienen aan een aantal voorwaarden te voldoen. Webshop Keurmerk controleert de aangesloten webwinkels en bemiddelt bij eventuele geschillen.

Indien een webwinkel zich niet aan de regels houdt, kan de consument een klacht indienen. De Stichting Webshop Keurmerk onderzoekt de klacht en tracht het probleem op te lossen.

Een bij Webshop Keurmerk aangesloten winkel voert een privacyprotocol met het doel dat persoonlijke gegevens van de internetconsument niet worden misbruikt.

In gevallen waarbij het probleem niet naar behoren wordt opgelost en de Stichting Webshop Keurmerk van mening is, dat dit te wijten is aan de aangesloten webwinkel, bestaat de mogelijkheid dat de webwinkel het recht wordt ontnomen het Keurmerk-logo te voeren.